mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGATTGAGCCGTGCCAATATC TGTTGGCTCGGCTCACTCAGA ATAATGGAATAGTAGCTATGATGTTGGCTCGGCTCACTCAGACCACCTCTCCGATCCTCAGCTCGTGTCCATTGCGACATCGATCATGTATATATGTCGCTGGTCGTGGTTTCTGATTGAGCCGTGCCAATATCTCAGTACTCTTCCATATAT 2 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR171_1 1e-72 zma-MIR171e 1e-16 -63.22 ...((((((.((((.((..(((((((((.(((((((.(((((((((.....(((........)))...(((..(((((((.............))))))))))..))))..))))).))))))).)))))))))..)))))).)))))).... (-63.22)