mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGAATCTTGATGATGCTGCA TGGCATCATCAAGATTCACA GCGTGGCATCATCAAGATTCACACACTGCTTGCAAATGCATACATGCATCTCTGCCGCCTTCTTTGCCTGCCATTAATAGCAGTTTTACTACATGTTTTAGCTGCTGCTGCATCATATATGCCTCTGTGAATATATATGTGTATGTGTGGGAATCTTGATGATGCTGCAT 4 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase mir-172 3e-92 zma-MIR172e 6e-16 -61.63 ..(..(((((((((((((((.(((((.((..(((((((((....)))))..............))))..))......((((((((..((.....))...)))))))).((((.((((((((..........)))))))))))).))))).)))))))))))))))..).. (-61.63)