mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAATCCTGATGATGCTGCAC GCGGCATCATCAGGATTCACA GCGGCATCATCAGGATTCACACCGGGTAAACACCGTTGGGTGGGTGCAGTTACCCATGCACATATATGCAGGTCTGGCTCTATCTGTTGCTTGCGTGAGAATCCTGATGATGCTGCAC 3 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase mir-172 2e-61 tcc-MIR172d 0.00002 -59.8 ((((((((((((((((((.(((((((((..((((....)))).(((((........)))))......((((((........)))))))))))).))).)))))))))))))))))).. (-59.80)