mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGTGCTCCC GAGCTCTCTTCAGTCCACTC GAGAGCTCTCTTCAGTCCACTCTAAAATGGCTGTAGAGTTTCATTAGCTGCCGACTCATCCATTCACCTACCAAGAACCATGGACAAGCGATAGGTTTGGTCTTGGTAGCCGAGTGGGTGGCGCGGGAGCTAAAATCAAGCTCTACGCTGTTTATGGTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTT 4 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR159 1e-97 zma-MIR319c 4e-82 -92 ..((((.((((((((((((..((((((((((.(((((((((..((((((.(((..((((((((((..(((((((((.(((..(((.........)))))))))))))))..))))))))))..))).))))))....)))))))))))))))).))).)))))))))))).)))).... (-92.00)