mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCAAAGGGATCGCATTGATC TCATGCGATCCTTTTGGAGG ACAATGCCTGGAGGAAGCATCCAAAGGGATCGCATTGATCCGTCACTCCTTCCATTCTATCATGGGTGGTCGTCGTCTACAAGGACTTCGTTCCCGACGGATCATGCGATCCTTTTGGAGGCTTCCTCTAGACATTACT 0 1 5' arm Sorghum_bicolor mirbase 100 bdi-MIR393a 1e-16 -77.6 ..((((.(((((((((((.((((((((((((((((.((((((((.......((((((......)))))).((..((((....))))..)).....)))))))))))))))))))))))).))))))))))).))))... (-77.60)