mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGCATTCTGTCCACCTCC AGGTGGACATACTGCCAATG CTTTACATACTGAGAGTTCCTTGGCATTCTGTCCACCTCCTTGCCCATCGTCAGATATATGTGTTGCTTTTGGAGGTGGACATACTGCCAATGGAGCTGTGTAGGCCTCT 2 0 5' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR394 1e-50 zma-MIR394a 0.000000000000006 -43.2 .........((((.((((((((((((.(.(((((((((((..((....((.((......))))..))....))))))))))).).)))))).)))))).).)))...... (-43.20)