mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GTGAAGTGTTTGGGGGAACTC GTTCTCCACAAACTACTTCAGTA GGTTGGTTGGTTGTCACCTGGAGTTCTCCACAAACTACTTCAGTAGCAACACACACCCCTAGTTTAATGCACCGTGTTTGCATGTTTGTGTGGAGCTGTGTGTGTACATAGTGAAGTGTTTGGGGGAACTCTGGGTGGCAATCAGCAATT 1 2 3' arm Sorghum_bicolor mirbase mir-395 5e-69 zma-MIR395a 5e-16 -78.5 .....(((((((((((((..(((((((((.(((((.((((((.((...((((((((....(((((.(((((.((((....))))..))))).)))))))))))))...)).))))))))))))))))))))..))))))))))))).... (-78.50)