mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCACAGCTTTCTTGAACTG GTTCAATAAAGCTGTGGGAAA AGATGGCCTTCTTTGTGATCTTCCACAGCTTTCTTGAACTGCATCTCTAAGAGGAGCAGCTTGAACTCTCTACCTGCATGAGCAGGTGCAGTTCAATAAAGCTGTGGGAAACTGCAGAGAGAGGCCAA 1 0 5' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR396 1e-56 sof-MIR396 4e-53 -64.9 ...(((((((((((((..(.((((((((((((.(((((((((.......((((...(.....)..))))..((((((....))))))))))))))).)))))))))))).)..))))))).)))))). (-64.90)