mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCGCCCCCG GGGGCGGACTGGGAACACATG GGGGGCGGACTGGGAACACATGGGAATGAGAGATGAGATTGCTCGGTCGTGCTGGCCCTGGGCTCGTAGTTGATCTGCTTGTATGCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCCGC 3 0 3' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR398 4e-56 zma-MIR398b 0.0000000000004 -58.4 (((((((..(((((((((((((.(.(..((((((.((...((((((((.....))))..))))......)).)))).))..).).)))))))))))))..))))))).. (-58.40)