mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAAATTTGCCCCG GGGCAACTTCTCCTTTGGCAGA CCAGATGTGCACTTGCATTGCTGGGCAACTTCTCCTTTGGCAGATGCGCAATGTGCTCCGACCCTGGGGCTTCTTCCGCGCCTACTGCCAAAGGAAATTTGCCCCGGAATTCACCTGCACAGCCA 2 1 3' arm Sorghum_bicolor mirbase mir-399 3e-54 zma-MIR399f 0.000000000000007 -56.3 .....((((((..((.(((.(.((((((.((.(((((((((((..((((.....((((((....)))))).......))))...))))))))))))).)))))).).))).))..)))))).... (-56.30)