mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGACGAGGCAGAGCATGGG ACAGGGACGAGGCAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAACAAAATTTCCAATTTCCGTTTGCTTGCCCACAAAATGGAGGGACTTGTCAGGAGAGGTATCAGGCAGAGAGAAGGTGCCTCCCTGGTGAAATGGTGATGGCCTGAGAGAGCTCAGCTGGTGTCCTGGTGTTGTTGCTTCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCT 4 1 3' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR408 0.000000000003 sof-MIR408c 9e-31 -91.6 .((((((.(((((((.(((.(((...(((((((((.((........(((....(((((((...........))))))).))).(..(((((.((((((((............)))))))))))))..)..)).)))))))))(((..(((.((((.((...))....))))..)))..))))))))).))))))).))))))... (-91.60)