mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGTCATCAACATAAAAGTTG ACTTGTATATTCATAACTTTA TAAATGATTTCAGCTAAAAAAGTCATCAACATAAAAGTTGTAAAACTGGTCAAGATCTCCAATTTTTATTTTAGTCATTTTTTCATATGACAAAGTAATAGTAACATTGTTCATAAATTTTACATATCTCTGATATAGTTTCATAAACTATATGAGAGATATGTAAAATTTATGAACAATGTTACTATTACTTTGTCGGATGAATAAATAACCAAAATAAAAGTTGTAGATCTTGATGAGTTGTACAACTTGTATATTCATAACTTTATCAACTAAAATCATTTA 4 0 5' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR821 1e-95 sbi-MIR821c 8e-103 -134.3 ((((((((((.((.....(((((.((.((.(((.((((((((.((((.((((((((((.(((((((((((((.((.((((.(((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((((((.....)))))))).)))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))).)))).)).))))))))))))).)))))))))).)))).)))))))).))).)).)).))))).....)).)))))))))) (-134.30)