mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGTTATGAACATAAAAGTTG ACTTTGTTGTTGATAACTTTT TAAATGATTTCAGATGAAAAAGTTATGAACATAAAAGTTGTAGAACTGATTAAGATCTACACCTTTTATTTTGGTCATTTGTTCATCCAATGAAATGATAGTAACATTGTTCACAAAATTTATATATCTCACTCTTATAGTTTATAAAACCATATGAGAGAGATGTAAAATTTATGAACAATGTTAGTATCACTCTATCGGATGAAAAAATGACCAAAATAATAGTTATAGATCTTGATGACTTCTATAACTTTGTTGTTGATAACTTTTTCA 3 0 5' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR821 5e-89 sbi-MIR821d 7e-57 -113.7 ..............((((((((((((.((((..((((((((((((.(.(((((((((((...((.(((((((((((((((.(((((((.(((.(.(((((.((((((((((((..((((((.((((((((.(((.(((.(((.....))).))).))).)))))))))))))).)))))))))))).))))).).))).))))))).))))))))))))))).))...))))))))))).).))))))))))))..)))).)))))))))))) (-113.70)