mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAGTCATCAACATAAAAGTTG ACTTGTATATTCATGACTTTA TAAATGATTTTAGCTAAAAAAGTCATCAACATAAAAGTTGTAGAACTGGTCAAGATCTCTAATTTTTATTTTAGTCATTTTTTCATATGACAAAGTAATAGTAACATTGGTCATAAATTTTACATATCTCTGATATAGTTTCATAAACTATATGAGAGATATGTAAAATTTATGAACAATGTTACTATTACTTTGCCGGATGAATAAATGACCAGAATAAAAGTTGTAGATCTTGATGAGTTGTACAACTTGTATATTCATGACTTTATCACCTAAAATCATTTA 3 0 5' arm Sorghum_bicolor mirbase MIR821 4e-117 sbi-MIR821a 8e-103 -141.9 (((((((((((((.....((((((((.((.(((.((((((((.((((.((((((((((.(((((((((((((.(((((((.(((((.((.(((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((.((((((((.....)))))))).))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))).)).))))).))))))).))))))))))))).)))))))))).)))).)))))))).))).)).)))))))).....))))))))))))) (-141.90)