mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGAGCTCCCT GGAGCTCACTTCAGTCCACTC AGTTTGAGGGAGCTCACTTCAGTCCACTCATGGGAGGTAGCGGGGATTGAACGAGCTGCCGACTCATTCACTCGAGCACACAGTAGATATGAGACTAGTCCAGGGCATACCAGTATGTTACAATATGTACTGTGCGAATGAGCGAATGCAGCGGGAGATTGTTCTCTCTTTCCTCCTCCATGCTTGGACTGAAGGGAGCTCCCTCATCTCT 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirbase MIR159 0.00001 bdi-MIR319 5e-48 -104.6 ....(((((((((((.((((((((((..(((((.(((.((..((((..((((((.((.(((.(((((((.((((..(.(((((((.((((..((....))...((((((....))))))...)))).))))))).)..)))).))))).))))).)).))))))..))))..))))))))))..)))))))))).)))))))))))..... (-104.60)