mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGTGTTCTCAGGTCGCCCCCG GGGTCGAACTGGGAACACATG AGACGCGAGGAAATTCCTGCGGGGTCGAACTGGGAACACATGGGATACGAACCGCTTGATTGAGGAGCGACTCTTATCAACTCATGTGTTCTCAGGTCGCCCCCGCTGGAGCCTCCTCGC 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirbase MIR398 0.0000004 mtr-MIR398b 0.00000002 -67.5 ....(((((((..((((.((((((.(((.((((((((((((((((((.((..(((((.......)))))..)).))))...)))))))))))))).))).)))))).))))..))))))) (-67.50)