mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCCAAAGGAGAATTGCCC GCGCTTCTCCCTTGGCACG TCGTGTGTGAATCACAGGGCGCTTCTCCCTTGGCACGGTGGCATGCATGTACATATGATGGTGGTAGCCTGGTGAGCGTGCGGTGCAGCTTGCTAGCAAGCCGTGCGTGCCAAAGGAGAATTGCCC 2 0 3' arm Triticum_aestivum mirbase mir-399 0.000002 osa-MIR399c 0.0000001 -58.9 ...((((.....))))(((((.((((((.((((((((...((((((((((.(((.....(((....)))..))).)))))).)))).(((((....)))))....)))))))).)))))).))))) (-58.90)