mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC AAGGGATGAGGCAAGCAACAAAATTTACCACCTGATTATGAGAAGAGGG ATTTTGTGAGTGGAGAGGGGGGAGGAGACAGGGATGGAGCAGAGCAAGGGATGAGGCAAGCAACAAAATTTACCACCTGATTATGAGAAGAGGGAGAGAGTTGCCAGAGCTTCTGTTGCTGTTGTTGCTCCCTCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCCCTCCCAAATCTCTCCCTCCCCCTCTCT 3 30 3' arm Triticum_aestivum mirbase 100 sof-MIR408e 0.00000001 -88.5 ...........((((((((((..(((((..((((.((....((((.(((((.((((((.((..((.((((........)))).)).....((((((.((((.((.(.(((.......))).).)).)))).))))))))..)))))).))))).)))))).)))).....)))))..)))))))))) (-88.50)