mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTGCCTCAAGCTTGCTGC ACCGAGCATGAGGCAACAACT GACTCGAGATATGCATGTGGCGGCACCGAGCATGAGGCAACAACTGCATTACTTGCGGGGAAGGCGCAAGTAGGACACCTGCATTACTTGCAAACAAGGCGCAAAATTAATAGAAGATCACCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTCATGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCCTTTGCCAAAGCTATCAGAAAAAACATAAAGTTCTGTTAGTTTCCCTAAACTTTAAAAACATAAAGTTCTGTTAGTTTCCCTAAACTTTAAAACATGTTCTACAAAATTGATCTAGAAATGATTGGCTTACTGTGCTAATTTAAAGCAATATAATTACTCGACAACTGCATATGCACATGTTAGAAGCAAGGCAGTAGAATACTTATGTTTTCATCTACTGGCAGGTAGCAACATGTATAGATATATCA 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirbase MIR444 9e-67 tae-MIR444b 3e-57 -136.7 .....((..(((((((((((.((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((((((((((.((((((((((.....(((....((((....))))..))).........(.....).)).)))))))).))))))))))))).))))))))).))))))).))))).)))).)).(((((((((((((.(((((...........))))).))))))............(((((((((.(((.((..(((((....))))).)).))).((((((((......((((.......)))).((((....((((.......))))............((((..(((....)))..))))..))))......)))))))).))))))))).......))))))).....)))))))))......)). (-136.70)