mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGCTGCCTCAAGCTTGCTGC ACCGAGCATGAGGCAACAACT GATATGCATGTGGCGGCACCGAGCATGAGGCAACAACTGCATTACTTGCGGGGAAGGCGCAAGTAGGACACCTGCATTACTTGCAAACAAGGCGCACCATACTTGTGGCTTTCTTGCAAGTCGTGCAGTTGCTGCCTCAAGCTTGCTGCCTCCACATGTATA 3 0 3' arm Triticum_aestivum mirbase MIR444 2e-34 tae-MIR444 1e-57 -99.2 ..(((((((((((.((((.(((((.(((((((.(((((((((.(((((((((((((.((((((((((.(.((((((.....))).....))).)..)).)))))))).))))))))))))).))))))))).))))))).))))).)))).))))))))))) (-99.20)