mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTTGGATTGAAGGGAGCTCCT GAGCTCCCTTCGATCCAATCC AAGAAGATGCCGATCGATCGAAGAGCTCCCTTCGATCCAATCCAGGAGGGAAAGTGGTCGGCTGCAGCTGCCGGTTCATGGATACCTCTCTGGTGCAGCAATGGCCGAGATGCTCACCTGCACTTGCATGGGTGTGCATGACCCGGGAGACGAACCGACCATCATCTTTCCCTCGTGCTTGGATTGAAGGGAGCTCCTCTCTCTCTCTCTCTCTTAT 2 0 3' arm Zea_mays mirbase MIR159 2e-72 sof-MIR159c 3e-74 -107.8 (((((((....((..((..((.((((((((((((((((((..((.((((((((((((((((...(..((.((((.(((((.((((((....(((((((....(((......)))...))))))).....)))))).))))).)))).))..)..)))))))....))))))))).)).)))))))))))))))))).))..))..))))).)))).. (-107.80)