mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGAGTGAAGGGAGCTCTG GTGCTCCCTTCACACCAATAA GGTGCTCCCTTCACACCAATAAACGGTCGATCTGATGGGTGGTACAGCTGCTCGTTCATGGTTCCCACTGTCCCATCTCATCAGAGAGAGAGAAGATCGTGAGAGAGCGAGAGATGCTTGAGATGGGCTTGTGGTTTGCATGACCGAGGAGCTGCCTCGTCCCCTTCGTTGACCGCTGTTTGGAGTGAAGGGAGCTCTGC 4 0 3' arm Zea_mays mirbase MIR159 5e-42 zma-MIR159i 3e-43 -94.1 ((.(((((((((((.((((....((((((((..((.((((((..(((((.((((.(((((....((((...(((((((((................((....)).((((.....)))))))))))))...))))....))))).)))).)))))..))).)))..))))))))))....)))).))))))))))).)).. (-94.10)