mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAGCCAAGGAGACTGCCTACG CAATTCTGATCCTTTGTAAACAAAGGACATAGGCAAGTCATCCTTGGCTATC GCAATAGGGGCCACTCAGGCTAGCCAAGGAGACTGCCTACGAACCAACACAAAGGTCCACAATTCTGATCCTTTGTAAACAAAGGACATAGGCAAGTCATCCTTGGCTATCAGAGGCAGGCCCTTATT 1 2 5' arm Zea_mays mirbase MIR169_5 2e-43 zma-MIR169h 5e-68 -60.3 ..((((((((((.(((.((.(((((((((((((((((((.(.(((........))).)..........(((((((....)))))))..))))).)))).)))))))))))).)))...)))))))))) (-60.30)