mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTGGACTGAAGGGTGCTCCC GAGCTCTCTTCAGTCCACTC GGTTTATGGCTTCTGTGGAAGAGAGCTCTCTTCAGTCCACTCTAAAATGGCTGTAGGGTTTCATTAGCTGCCGACTCATCCATTCACCTGCCAAGAACCATGGGCAAGCGGTAGGTCTGGTCTTGGTAGCCGAGTGGGTGGCGCGGGAGCTAAAATCAAACTCTACGCTGTTTACGGTTGGACTGAAGGGTGCTCCCTTCAATTTGCCCAAACACT 3 0 3' arm Zea_mays mirbase MIR159 9e-87 sbi-MIR319b 5e-82 -103.8 .((((..(((.......((((.((((.((((((((((((..(..(((((((.(((((((((..((((((.(((..((((((((((..(((((((((.(((.((.(........).))))))))))))))..))))))))))..))).))))))....))))))))))))))))..)..)))))))))))).)))).)))).....))).))))... (-103.80)