mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGGCGCAGTGGTTTATCGATC TCGATAAACCTCTGCATCCAG TGGTGATGCCTGGGCGCAGTGGTTTATCGATCCCTTCCCTGCCTTGTGGCGCTGATCCAGGAGCGGCGAATTTCTTTGAGAGGGTGTTCTTTTTTTTTCTTCTTTTTGGTCCTTGTTGCAGCCAACGACAACGCGGGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTTCTCGCC GCACGAGGGTTTCTTGCGCTAATCCATCATGTTCGCAGGTGGGGGTGGGGGGTTGGTGGTGATGCCTGGGCGCAGTGGTTTATCGATCCCTTCCCTGCCTTGTGGCGCTGATCCAGGAGCGGCGAATTTCTTTGAGAGGGTGTTCTTTTTTTTTCTTCTTTTTGGTCCTTGTTGCAGCCAACGACAACGCGGGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGTTCTCGCCTTTTTGTGTTCAAGGGCTTGAGGCAGTAGTACTGGCTATTGCTTCTTGCTTCTTGGCTGCTCATGGGGTGTAAACATGTTTACTACTTGTTTAGGCTTGATATATATGTTTATGTAGGATATGTCTCTTTTTAATGACATGACTATGGTGATAGAACTGTAAAAATCTTTTATTCTGATGGTTGCATGATTTGATATGTGCTTCTGATAGGTTCTTTTATTCTGATGGTTGCATGATTTCCATGTTTACATGGTAGCTGTAGGTTTTGCACTACAAATTTCCCCTG 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR162_2 1e-66 osa-MIR162a 1e-75 -60.5 .(((((...(((((.((((.((((((((((((..(((((.((.(((((((.(((...)))..(((((((...((...(((((((.............)))))))...))...))))))).)))....)))).)))))))..)))))))))))).)))).)))))...))))) (-60.5)