mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGATGAGACAGAGCATGG GGGGTTGGTTTTGATTTGGAGACAGGGATGAGACAGAGCATGGGATGGGGCCATCAACAAAGTGGAGGGACTAGCTTGCGAGGCAGAAAGAAGGTGCCAGTGCCGGTGCCTCCCCGGTGAAACGATGATGGGAGTGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTCCGATCCCCCACCGTTGC 5 0 3' arm Zea_mays mirbase MIR408 2e-72 sof-MIR408c 4e-17 -82.8 ((((........((((.((((.((((((.(((.(((.(((.((((.(((((...(((((....(((((.((..((..((..((((.........)))).))))..)).)))))((.((.(.....).)).))..)))))..))))).)))).))).))).))).)))))).))))))))))))........ (-82.80)