mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CTGCACTGCCTCTTCCCTGGC CAGGGACGAGGCAGAGCATGG GACAGGGACGAGGCAGAGCATGGGTAGGGGGCCATCAACAGAATTCCAAATTTGATTTCTGTTTGCTCGCTCACAAAATGGAGGGACTCACCACAAACACACTCAGGCGTTGTTGCTCCCTCCCCTGCACTGCCTCTTCCCTGGCTC 5 0 3' arm Zea_mays mirbase MIR408 1e-78 zma-MIR408 0.000000000000002 -62 ..((((((.(((((((.(((.(((.(((((((...((((.(((.((.......)).))).(((((.((.(((........))).)).......)))))..........))))..)))))))))).))).))))))).)))))).... (-62.00)