mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTAGATGACCATCAGCAAACA TTTGTTGGTGGTCATTTAACC GTTTTGTTGGTGGTCATTTAACCATGCATGCTTCGATCGATGGATTGGTGCATGCATGGATTATTGCATAGTGTGATGCATGTGGCGCATCAGTGCATGGTTAGATGACCATCAGCAAACAT 2 0 3' arm Zea_mays mirbase 100 ssp-MIR827 0.0000000004 -61.2 ..(((((((((((((((((((((((((((....(((((....)))))((((.((((((.(((((........))))).))))))))))....)))))))))))))))))))))))))))... (-61.20)