mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCCCAATGCCTTCCATGCCTA GGCATGGGAACATAGGGGAAA TAAGAGCAGTGGGCATGGGAACATAGGGGAAAGCCAAACTTTCTTTACCTGTACAACTAAGGGTGGAGAACTGGAGATTAGTTTAGTGTTTCCCAATGCCTTCCATGCCTATTGTTCTTA 2 1 3' arm Zea_mays mirbase MIR2118 5e-22 zma-MIR2118c 0.000001 -54.6 ((((((((((((((((((((.(((.((((((.((.(((((((((((((((..........)))))))))).........))))).)).)))))).)))..)))))))))))))))))))) (-54.60)