mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AGAGTTGGAGGAAAGAAAACT TTTGTTTTCCTCTAATATCTCA GTCAGGCACTAAAAGTGAGAGTTGGAGGAAAGAAAACTAATCGGCTATCAGATTCTGCAATGGCTTGATGCATAAACATGATTGCCGTTCCGTTTGTTTTCCTCTAATATCTCACCTTCA 2 1 5' arm Zea_mays mirbase 100 zma-MIR2275d 8e-64 -39.4 ..............((((((((((((((((((.((((....((((.((((..((.((((.........)))).))...)))).))))....)))).)))))))))))).))))))..... (-39.40)