mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGGACCAGGCTTCATTCCCGT GGGAATGTTGTTTGGCTCGAG TTTTTGAGAGGTTATGGTTGATGGGAATGTTGTTTGGCTCGAGGGTCATCTAGGTTTTCAAAATTTTCTCGGACTTTCTTTCTTGCTTTTATTTTTCCAGGAAAATTATGTTATTTGCCTATGTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCGTCAACCGACGGTTTCTCTCT CACGCGTCCGATTGTTTGATTTTTTTTGAGAGGTTATGGTTGATGGGAATGTTGTTTGGCTCGAGGGTCATCTAGGTTTTCAAAATTTTCTCGGACTTTCTTTCTTGCTTTTATTTTTCCAGGAAAATTATGTTATTTGCCTATGTGATCTCGGACCAGGCTTCATTCCCGTCAACCGACGGTTTCTCTCTTTCTCAAGCTGCTATTATGATGGTGGTGGTGATGAGTGACGATACTTTCCGGGGAAAATAAAAAAATTGTGGTGATTGGTGATTGGTAAAAGTTTTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTACCTCTCTCTGTTCTTTATTATTTTCTCGAGAAAATTTTCCGTATTTGGAGTTTGCATGGAATCATTTTGACCCGCTTAGTAAAAAACATTAACAAACAAGTTCGGGAGATGCCATTGACTTTAATTTATTTTCTTTTCTAATTTTATCTGCTTCAGCCTTTTCTGTTGACCACGTCTTTTTTGGCTTTGCATCTTTCTTTTCTTGTTTGATTCTCGAGAAAAAATGAGACAGAAACATAAAAAAAGCAATGATTTAAAAAATTATTTCCTCTCTCTCTCGCTCTCTCTCTCTCTTTCCCAATTGGAATTGTTGCCTGGGTATATTCTGATTTTGAACAAGATAATCATTGGATTATGATCATTTTATTAGAAGAAGATAGAGGGAAAAAATTGTCCAAAACAAATGGGAAGAAACTATTTAGGGTTTCTGAACCACAAGCTTTAGTTGTTATTTACTGAAATTATATTACTTCTACTATTAGTTAAAAAAGCAGCAAAGCCCCCTCGCTCTGTCGCTGCTGGGGGTGTTTAAAGCTACAATTGTAGGTTCGTCTATG 3 0 3' arm Citrus_sinensis mirnest mir-166 0.000000003 csi-MIR166b 6e-93 -63.8 .....((((((...(((((((((((((((..((((((.((((((.((((.(((((...((.((((((((.(((......................))).)))))))).))......))))).)))))))))).))))))..)))))))))))))))......)))))). (-63.8)