mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTCAAGAAATCTGTGGGAAGA TTTCCACAGCTTTCTTGAACT ATGATGCAAGTTCCTGTCATGTTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTTCTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTAATAATAGGCTACGATTTGATGTGGCTAGCTGCAGCTATTAGAAGTTCAAGAAATCTGTGGGAAGAAATGGCAAATAAGGACTTAA CCACGCGTCCGGTATGTACATAAATTACATTTGCTGTGTTTATGGAGATTTACAAGCTATCTAGCAAGCGTGGTCCTTTAAGCTATAGCTACAATATTGAGCTACCTAGCTTAATCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTCTTTCTATTTCTATACATATATATATATATATATATGTCTATGAATTCTTCATTAAAATCACTTGTGGTGCAAAATCAAGAAATTATGTGTGTGTGTGTATATATAAATGATGCAAGTTCCTGTCATGTTTTTCCACAGCTTTCTTGAACTTCTTTCTTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCTTCCTCTAATAATAGGCTACGATTTGATGTGGCTAGCTGCAGCTATTAGAAGTTCAAGAAATCTGTGGGAAGAAATGGCAAATAAGGACTTAATTTCTTCTTCTATCTATTAGACTATTACAAGCAAGGTGAATATATTTTGTTCTCTTTTCTCTGTGAATTTGGCTAGAATTTTGATCCCCTTATATAATTGAATTCGAATTCTTAAATTTTTCATTTCGATTTAGGTAATTAACTAACAGTTTGTATGCTATTGCACATTGACATTGCTCACTGTGTAATGGTTTGTCAATTATTCCGGAAGCTGTAGTTTGTTTTTTTCAACTACTGGCATGTTAANCACTGTACTTAAATTTAAGATTATTGTCATGTATAATTGAATTTCACCCTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAG 1 0 3' arm Citrus_sinensis mirnest MIR396 0.0002 csi-MIR396c 4e-39 -43.8 .......((((((.((((((.(((((((((((.((((((((((((((((.((...............................................................)).))..(((((((......)))))))(((....)))...)))))))))))))).))))))))))).)))))).....)))))).. (-43.8)