mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure GGCGAGACGAATCTTTTGAGC TCAAAAAGTTCGTCTCGTAGT TAGATAAAAAGAAAAACTAATTGCACAATTTGTATGTAAATGGCGAGACGAATCTTTTGAGCCTAATTAGTCCATGATTAGCCATAAGTGTTACAGTAACCTACATGTGCTAATGGCAGTTTAATTAGGCTCAAAAAGTTCGTCTCGTAGTTTTCAGGCGAGTTATGAAATTAGTTTTTCCAAAAAAAA GTCGGCGGCTGGTGAGCTTCCCCTTTGCGCCCGACAGTCCTCCTTCCTCCTCTGNCCGACGAGATCGGCGGCGTGGAGCACAAGGATGACCGTTCTCTCTCCTCCCTCTCTCATCCTTGACGCCCCGTGGGTCCTACCTACGACCGAGGAACCCGTAGCCAAAGTTTGCTACGCGTTCCTAGGGAGCCCGCGCGGATAGACGACGTGGAACGGAATATTCGTATTTTTGTGCTGAGGCCAAATGCCACAGAGATGCACTGTGAATGACCTGAGGAGGATCGTCCGGGTCTCTATGCTGCTGCACAATAACCCCACATGGCTGCATACTCAGATTATTTGGCCTGACCTGGCCCTGTTTAGTTCCCAAAAACTTTTCACAAAAACATCACATCGAATCTTTGGACACATGTATAGAGCATTAAATATAGATAAAAAGAAAAACTAATTGCACAATTTGTATGTAAATGGCGAGACGAATCTTTTGAGCCTAATTAGTCCATGATTAGCCATAAGTGTTACAGTAACCTACATGTGCTAATGGCAGTTTAATTAGGCTCAAAAAGTTCGTCTCGTAGTTTTCAGGCGAGTTATGAAATTAGTTTTTCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 0.00000000000001 -68.6 ..........((((((((((((.((.(((((((.((.((((.(((((((((((.((((((((((((((((.((((...(((((((.((.((((...))))))..))).))))))))....)))))))))))))))).))))))))))).)))).)).))))))).)).))))))))))))......... (-68.6)