mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCGATAAACCTCTGCATCCA GAGGCAGCGGTTCATCGATC TTTAACAGAAAATAGAGAGAGTGAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCACTTTGTGCAAATTTTGTTGTGAAAAATAACACAAAATACATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACTCCAACTCTATTCATCGCTCC CCACGCGTCCGGTGACAGGCACAACAGCCACAGCAATGGTGACTCTTCTGAATCCTGGTTCAAATCCATTCCTCTCTCAAATATTTCTCTCTATTTTTTTTAAAATTAACACACACAAGCATTCACAATTCTTTTGTATTTGCACGTATGCCGTTCGTATAGTTGTTTTTTATTTTGTTTCATTAAGCTTTTAGAACGTTAGATCTCTGTTACTCGAAACTGTTTACACTGATCTGTGCTGCTGATAAATCTTAATTTTTTTTTTTGAATTTTTATTTAACAGAAAATAGAGAGAGTGAAGTCACTGGAGGCAGCGGTTCATCGATCACTTTGTGCAAATTTTGTTGTGAAAAATAACACAAAATACATGAATCGATCGATAAACCTCTGCATCCAGCGCTCACTCCAACTCTATTCATCGCTCCGTCCTCGCTTTTATTTTATTTTTTCTGACTAATTGTAAGAAAAGAAAATAAAAAAATTAATTAATGAATGAAAAATATTCATTTGTTGTCATATATTTTTGTTAAAGAAAAATTAAAATTAATGAGATAATCTTGTTATCGGGCTATGCAGGGAGCTAATGGTAAATTCACTAGTAATTTAATCTAGTCCTTTAGCCTCTGTGTGGCTGAAAGAGAAAGAGAAAGAAAATGAAAGAGAAATTCAACCAATTTCATTTAAATATTATTTTTTTTTTTTGGGGTTTAAAACTTCAAAAGGGAAAATTTGGGCAAAGAATTTTGTTTGGGAAAACATGGGGAAGGAGGATCTAATTTTGTGAAGGCCCTGAACAAAAAAAAAATCTCCCAAAAGGATAAACGGGAAAGGCCAATTTTTTTTATTTTTTTTATTTTTCCCAAAATTGGGGGGGGAAACAGGGA 3 0 3' arm Citrus_sinensis mirnest MIR162_2 1e-17 csi-MIR162 7e-77 -47.7 .......((.(((((((.((((((.((..(((((.((((.((((.(((((((..((((((...(((((((.((........))))))))).))))))..))))))).)))).)))).))))).))))))))...)))))))..))..... (-47.7)