mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure CGCGAGACGAATCTTTTAAGC TTAATAAATTCGTTTTGTGGT TAGACAAATTAAAAAACTAATTGCACAATTTGTATGAAAATCGCGAGACGAATCTTTTAAGCATAATTAATCTATGATTAGCCATAATTGCTATATTAACTAATTAATTAGGCTTAATAAATTCGTTTTGTGGTTTTTAGGCGAGTTATGAAATTAGTTTTCTCATTCGTGT GCACGAGGTCGGAATCGAATTATCCGATATACTAGTAGCAATATATTTCCATTTTGTTCCTCTTCTTCAGTTAATTAGTCTAGAATGGTAAGCTGTAATTTCTTGTGGGTAATACTAGTAGTATTATTATTCCTCATGCCTGTGCCAAAAAATTCCTTGTATAAATCAAGTTTACCTGAGTATGCTGTAAATTTGCACAAGGTGGAGTAGCACTAAGAGCTTGTTTAGTTCAAAAAAACATTATATCGAATCTTTAAATACATGCATAGAGCATTAAATATAGACAAATTAAAAAACTAATTGCACAATTTGTATGAAAATCGCGAGACGAATCTTTTAAGCATAATTAATCTATGATTAGCCATAATTGCTATATTAACTAATTAATTAGGCTTAATAAATTCGTTTTGTGGTTTTTAGGCGAGTTATGAAATTAGTTTTCTCATTCGTGTCCGAAAACCCCTTCCGACATCCGGTCAAACGTTCGATGTGATACCTTTAAACTTTTTTTTTCGCGAACTAAACACACCCTAAGTACCAA 3 0 5' arm Oryza_sativa mirnest 100 osa-MIR2124a 0.000000009 -48.5 ............((((((((((.((.(((((((.(((((((((((((((((((...((((((.((((((((...((((((((.......)))).))))....)))))))).))))))...))))))))))))))))))).))))))).)).))))))))))..((....)). (-48.5)