mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TGCATTTGCACCTGCACCTAC AGGTGCCAAGGCAGATGCAAC ATATATATAGCAAAGTGATGTGTGATAGAGCTGCATTTGCACCTGCACCTACAGAGAGGGAGATGGAGCAGCAAGCTAGCAATACGTGCTTGATCGCTATACGCTAGCTTCTTGCACCCATGTTGGTCCCTGGCCCCTTCCTGATCCCTAGGTGCCAAGGCAGATGCAACTGTGTCCAAAACTTTCCCATCCATCTTT GTAAACCAAGAAGCCAAGTGAACACTGCATACATACATATTAGTGTTAGCGTGTTACATATATATAGCAAAGTGATGTGTGATAGAGCTGCATTTGCACCTGCACCTACAGAGAGGGAGATGGAGCAGCAAGCTAGCAATACGTGCTTGATCGCTATACGCTAGCTTCTTGCACCCATGTTGGTCCCTGGCCCCTTCCTGATCCCTAGGTGCCAAGGCAGATGCAACTGTGTCCAAAACTTTCCCATCCATCTTTATTTCTTACCCCTTATTTTTTCAAAAAATTACTTGGCCCCCTATTTTCTCTTTCGTAATTCCTTTAAAAAAAAACTTCCATTAATTGGCCCCTCCAAACCCTTTTTTAAAATTTTTCCCCCCCCGGAGTTTTTCCCCAAGGGCGCGGGCCGTCTCCATAAATTTTTT 5 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR530 0.00000001 osa-MIR530 5e-54 -58.3 ...........(((((....((.((((.((.(((((((((....(((((((..((..(((((((((.((((.((((((((.......((......)).....)))))))).))))..))))...((((...))))..)))))..))..)))))))....))))))))).)).))))))..)))))............. (-58.3)