mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGGATTGAAGGGAGCTCTA GAGCTCCTTGAAGTCCAAAAG GGGTTAAGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAAAAGAGGTTCTAGCAAGGGTAAATTGAGCTGCTGAGCTATGGATCCCACAGTCCTATGTATCAGATTTTAGGGTTTGTTTCTGATGATGGTGATGATAGGCTTGTGGCTTGCATATTTCTGGAGCTTCATTACCCCTTAAGTTTTACCCTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACCTCTCTACA ATAGTATGGATCTGTTAAAGATTCTTTGTGTATAACCTAGCTAACCAGTTTGCTTGGGTTATCTTTTTTACTTTATTTTGTTTTTCTTTGTTTCTTGATGACTTGATGAGGGAAATAGGAAATAGTGCTCGCAGTTTGATTGTTAAAGAAGAATGTTTATGCATGCTCTTCTTGATCTAGGGTCAGGGAAAAAGGAGCCTTGGGCTTTTTGATTGGTTGGTGATCTTGTGGGATTAATTAATTGATTGGTGTTAAGAGGGTTAAGGAGTGGAGCTCCTTGAAGTCCAAAAGAGGTTCTAGCAAGGGTAAATTGAGCTGCTGAGCTATGGATCCCACAGTCCTATGTATCAGATTTTAGGGTTTGTTTCTGATGATGGTGATGATAGGCTTGTGGCTTGCATATTTCTGGAGCTTCATTACCCCTTAAGTTTTACCCTTTTTTGGATTGAAGGGAGCTCTACCTCTCTACACACTACTCACTTTTTATTTGATTAGTTTCTTCTCCATTTACTCATTTTTGTTATTCTTATTAATATCTTGCTTGATGCTGTAAATATTGTTGCATAGATTTTGTCGATTATTATTTTGCAGGAAGCTAACACATTGCCAGAAAGCACTTGCCTTTACTTCCGTNATTACAGTCTCAGCTGGCTGCTGGGAGAATCTGACACAAGGTTTTTTGAGCTTGAAAGTCAATATCCTGAACTCTCTCTTACCTTCATGCTAAAGCTTGCCCTGACAAAATAACACTCTTGAATTGGTTTTTTTTTTTTCTTCAAAGTCCCAGCTTTAAATGTTGCCAATGTGGGTANTTTTTGGACTTAAGCTCCTTGGAATTAAAACCTGGATCCCTTAGGAGGCCTGTGATTCACTTGGAAATCTTATCTAATTTGGATCACCGGGTTTTTTTTTAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 2 0 3' arm Citrus_sinensis mirnest MIR159 2e-20 csi-MIR159 2e-106 -73 ..((..(((.((((((((((((..(((((((((((((....((((((((..(((.(((((...(((.((((....((((((.(((((.(((((....((((((.....))))))...)))))...))))).))))))....)))).)))...))))).)))..)))))..)))....)))))))))))))..)))))))))))).)))..)). (-73)