mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ACTCTCTCCGTCCCAAAATAT ATTTTGGGACGGAGGTAGTAG TCTACTATAGTACTCTCTCCGTCCCAAAATATAAGCATTTTAGCTATGAATCTGGATAACTGTGCGTTCAGATTCATAGTCCAAAGTTGTTATATTTTGGGACGGAGGTAGTAGTTAATTGC TTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTTGGATTTTATCAAACTTGGAATAAAACCAAAACATCTTCCATTCTGAGATGTAGGGAGTGCTATTAACCTTCCTAATACATTACATGGACAGGATAGTAATCTACTATAGTACTCTCTCCGTCCCAAAATATAAGCATTTTAGCTATGAATCTGGATAACTGTGCGTTCAGATTCATAGTCCAAAGTTGTTATATTTTGGGACGGAGGTAGTAGTTAATTGCCAAACAGGATATATATAGGTTGGAAATGCAACTATCAAACTGGAACTTTTGAGATAAAGCAATTATCAAACACAAGACATCATTTTGTCTCACAGACCTCTGCTCTGCTCATCAAAGAACCCCTCTTGTTCACTTGAAGCATACTAGCCTTCTTCTGGACATGACAGCCTTGCAGAAGAAAGAACATCCGCGCCGTGTATTCTTCTTCTTCCTGTCCCTCTGCTTTGTTAGAGGCTTGATTACTACCTTGATAGCAGCATCCAACAAAGGTTTTAAATTCTGCTGTGTCTTTAAGCTGCGTTCGATGTGAAAAGGTGTGGGCGAAAATGAAGTGGGAGATCAATTACACTGGAGGTATATCAAGGGAAAAAAGTAAGAGGGGCAAGATAGAGGGTGAACTTGAGAAAATCAATGGGG 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR1122 7e-43 osa-MIR1439 0.000006 -49.4 ..........((((.(((((((((((((((((((.((.(((.(((((((((((((((........)))))))))))))))...))).))))))))))))))))))))).))))......... (-49.4)