mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGAATAAGATGAACGGTTA ACCGTTCGTCTTATTCAAAAA TACTATAATACTCCCTCCGTTTCGAAATGTTTGACGCCGTTGACATTTTAAGCACATGTTTGACCGTTCGTCTTATTCAAAAAATTTAAGTAATTATTAATTCTTTTCCTATCATTTGATTCATTGTTAAATATATTTTCATGCAGGCATATAATTTTACATATTTCACAAAAGTTTTTGAATAAGATGAACGGTTAAATATGTGCTAAAAAGTCAACGGTGTCAAACATTTCGAAACGGAGGGAGTACCATTGTA TTTTTTTTTTTTTCCTCTTGTTTTTGGGGGTAATTTGGTATGAGGCTAGCTAGCTAGCTACTGGTTTTCTCTCCTGGATTTCTTGCGATGAGGGAGCGCGCGAGATACTGCTAATCTTTTGTGTCGGTTTTCCGGGGTTTCTCCTGCTAAGGATTCATGTTCTCGGTAGCTCGTTGTTTTCCGCCATTTTGCTTGCGGTGATTCTAGCTGTAGTGGTTTCTAGCTCTACTATAATACTCCCTCCGTTTCGAAATGTTTGACGCCGTTGACATTTTAAGCACATGTTTGACCGTTCGTCTTATTCAAAAAATTTAAGTAATTATTAATTCTTTTCCTATCATTTGATTCATTGTTAAATATATTTTCATGCAGGCATATAATTTTACATATTTCACAAAAGTTTTTGAATAAGATGAACGGTTAAATATGTGCTAAAAAGTCAACGGTGTCAAACATTTCGAAACGGAGGGAGTACCATTGTACTCCCGTTCACAAGAAAGAGTACCATTTTACTTGGCTTCTGGATACAAGCACTCTGGCTTTGAATGTTCGTGCTGACAACCGGACACGCACAAGGTCAGAGAGAGACCTTGCATACCCTCGTCCTCTCCCTGGCTGGGCAGGGCTATTTCTATGAGAATACCCCTCTTTAGTTAGGGTCGGGCCTTTCCTAAAGTGGGATTCGACGGTGGGGCTTG 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 4e-108 osa-MIR806h 1e-101 -109.5 ........((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((((((((((((((((((((.((.(((.((((...))))))).....(((....)))...((((.((((((..........................)))))).)))))).))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))))))........ (-109.5)