mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAAAGTCAACGGTGTCAAA TGACATCGTTGACTTTTTAGC TTTGTCAAGTACTCCCTCCGTTTCAAAATGTTTGACATCGTTGACTTTTTAGCACATGTTTGACCGTTCGTCTTATTCAAACAAATTTGTGAAATATGTAAAACTATGTGTACATGAAAATATATTTAACAATGAATCAAATGATATGAAAAGAATAAATAATTACTTAAATTTTTTAATAAGACGAATGGTCAAACACGTACTTAAAAAGTCAACGGTGTCAAACATTTTGAAACGGATGGAGTATTAAATAG TATTTGTGGAGATGGTATATGGATGTTCCCTTCTTCCCTGCTTTCCCTTGCTAAGGTTAAGCCACCAATCTGCATGAAGTTCACTCCCGGAAGCTAGAGAAACAGGTGTTTCCTGGATGCTGAGTTCGACATGGTATGATAGGTAATGGATAGACCGGCCTCTGTATCTAGGATGCACAAAGCAAACCATCACTTATTACAATAGTTCCACGCTGTTTTGGAAAGATAAAAATGCAACAAGTTTGTCAAGTACTCCCTCCGTTTCAAAATGTTTGACATCGTTGACTTTTTAGCACATGTTTGACCGTTCGTCTTATTCAAACAAATTTGTGAAATATGTAAAACTATGTGTACATGAAAATATATTTAACAATGAATCAAATGATATGAAAAGAATAAATAATTACTTAAATTTTTTAATAAGACGAATGGTCAAACACGTACTTAAAAAGTCAACGGTGTCAAACATTTTGAAACGGATGGAGTATTAAATAGGCACCATTTTGGAGGTTATCTGTTGGTGCCTTGAAAATCAGTTTTTCTCAGTATTTCCAGAGGGAAGTGGATCTTAACTTCTTCAAGACTACTGTTACCGCTTGTGTATTGTGCTTAAGTACATAATAG 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 1e-86 osa-MIR806g 2e-90 -96.7 .......((((((((.((((((((((((((((((((((((((((((((((((.((.(((((((((((((((((((((.(((..((((((..((.((((((..((...)).))))))...((.(((((.....((.(((....))).))....))))).))..))...))))))))).))))))))))))))))))))).))..)))))))))))))))))))))))))))))))))))).))))))))...... (-96.7)