mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAAAATCAACGGTGTCAAA TGACACCGTTGACTTTTTAGC AATAGTAACTACTCCCTCCGTTTAAAAATATTTGACACCGTTGACTTTTTAGCACATGTTTGACCGTTTGTCTTATTAAAAAAAAATTGTGAAATATGTAAAACTATATGTGTACATAAAAGTATATTTAACGATGAATCAAATGATATGAAAAGAATAAATAATTACTTAAATTTTTTGAATAAGATGAATGGTCAAACATGTACTAAAAAATCAACGGTGTCAAACATTTTGAAACGGAGGTAGTATAAAAGAT TCATCATCATCCTGATTCCTTCATGCCCCTCCAAAACCACGGGGTTGCCTCTGCAGATCACGGGTGCCCGGATCTTGAAGCACATGGACAGGCATGGAGCATGGGGTCCCTGTTACAGCTACAGAGAAACCCAGCTACACTGTAGCAACATCAACTGTAATAGTAACTACTCCCTCCGTTTAAAAATATTTGACACCGTTGACTTTTTAGCACATGTTTGACCGTTTGTCTTATTAAAAAAAAATTGTGAAATATGTAAAACTATATGTGTACATAAAAGTATATTTAACGATGAATCAAATGATATGAAAAGAATAAATAATTACTTAAATTTTTTGAATAAGATGAATGGTCAAACATGTACTAAAAAATCAACGGTGTCAAACATTTTGAAACGGAGGTAGTATAAAAGATTAGGT 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 9e-72 osa-MIR806d 2e-78 -91.6 .........((((.(((((((((.(((((.((((((((((((((.(((((((.((((((((((((((((((((((((...(((((((((((..(((((((....))))))).))))...(((((((((((....((.(((....))).)).......))))))..)))))..))))))).)))))))))))))))))))))))).))))))).)))))))))))))).))))).))))))))).))))........ (-91.6)