mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TAAAAAGTCAACGGTGTTAAA TGACATTGTTAACTTTTTAGT TTTAGCTAATACTCCCTCCGTTTCAAAATATTTGACATTGTTAACTTTTTAGTACGTGTTTGACCATTTGTCTTATTCAAAAAATTAAAGTAATTGTTTATTCTTTTTATATCATTTGATTTATTATTAAATATACTTTCATATATATATATATATATAGTTTTACATATTTCACAATTTTTTTTAATAAGATTAATGGTTAAACATGTGCTAAAAAGTCAACGGTGTTAAATATTTTGAAACGGAGGGAGTATTAATCTA ATCTTCCGAACTTTCTGTCAGCACCCATGCTCTCAAGTTAGTTTAGCTAATACTCCCTCCGTTTCAAAATATTTGACATTGTTAACTTTTTAGTACGTGTTTGACCATTTGTCTTATTCAAAAAATTAAAGTAATTGTTTATTCTTTTTATATCATTTGATTTATTATTAAATATACTTTCATATATATATATATATATAGTTTTACATATTTCACAATTTTTTTTAATAAGATTAATGGTTAAACATGTGCTAAAAAGTCAACGGTGTTAAATATTTTGAAACGGAGGGAGTATTAATCTACTACAATTAGTTAGATTAGATAATGTTGTTATCTATTGCTAATACTATGTATCATTCGAATAATCTC 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 3e-28 osa-MIR806c 4e-24 -99.5 ......((((((((((((((((((((((((((((((((((((.(((((((((((((((((((((((((.((((((((.((((((..((((((..((((((.......((.(((....))).))....)))))))))))).(((((((....))))))).((............))...)))))).)))))))).))))))))))))))))))))))))).))))))))))))))))))))))))))))))))))))..... (-99.5)