mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATGACGCCGTTGACTTTTTG AAAAATCAACGGTGTCATACA TACTCCCCCTATATTTTAATGTATGACGCCGTTGACTTTTTGACCAACGTTTGACCATTCGTTTTATTCAAATTTTTTGTGCAAATATTAAAATATTTATGTCATGCTTAAAGAACATTTGATGACGAATCAAGTCACAATAAAATAAATAATAATTACATAAATGTTTGGAATAAGACGAATGGTTAAACGTTGGATAAAAAATCAACGGTGTCATACATTAAAATATGAAATATGA ATTTTTATTTTGAACTTTAATTAATGTCATATCGTGTTTTATTTTGAAGTAGATCCGTGAATATCAAATATTACATACAATAAGTAGGCTATAATTACATGGACACACTTTTTATTTTGCAAATACCATATGTGAAACTTTCGAAGACTCCGACCTCCGTTGTACTCCCCCTATATTTTAATGTATGACGCCGTTGACTTTTTGACCAACGTTTGACCATTCGTTTTATTCAAATTTTTTGTGCAAATATTAAAATATTTATGTCATGCTTAAAGAACATTTGATGACGAATCAAGTCACAATAAAATAAATAATAATTACATAAATGTTTGGAATAAGACGAATGGTTAAACGTTGGATAAAAAATCAACGGTGTCATACATTAAAATATGAAATATGAAGGTAGTATGTGAAAGCCTGATATGTCAATTGGTTAGATTTCTTGTGGTGAAACATGCATCTTCAAATTCATTATATTTTAATTGTAAAAAAAAATCTTTAGAGATGGTTACTCTTAAAATTATCAGATTTTTTTTGTCACGGCTAAAATGTAATGAATCTTAATATGAATTTTCGCATATATGTGTAGTACTATTAGAAATAACTGTTTATTTTTTTCTAATTTTTTATGACATTTGCTAGTTGGTGTGTGTGAGAAACCTATATGCATATTTTTCACTTAGACACAGGAGCGGAGCTAGGTAGGATAGGGGGTGCCCAGGAACCCGGTTAAGAAATTTTTTTAAGCTATAGTTCATCTATTTTCACCATATATGCACCTCCCCTCATCCAAATTTAGGCACTTATATCAGTCT 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 6e-85 osa-MIR1884a 0.00000000000001 -87.8 .........((((((((((((((((((((((((((.((((((.((((((((((((((((((((((((((.(((.(((.....))).))).((((((((((((.((.............(((.((((.......)))))))..............)).)))))))))))).)))))))))))))))))))))))))).)))))).))))))))))))))))))))))))))........ (-87.8)