mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TTTGACGCCGTTGACTTTTTT AAAAGTCAACGATGTCAAACA TACTACCTTCATTCTAAAATGTTTGACGCCGTTGACTTTTTTCAAAAATATTTGATCGTTCGTCTTATTTAAAAAATTTAAGTAATTGTTAATTTTTTTTCTATCATTTGATTTATTGTTAAATATACTTTTATGTATACATATAGTTTTACACATATCACAAAAGTTTTTGAATAAAACGAACAAACATGTTTAAAAAAGTCAACGATGTCAAACATTTAGGGAATGAGGAAAT TTTTTTTTTTTTTTTTGCTATAAGTAGTAGTAGTCTTTATTATATTATAGTTTACATTTACAAAGACATATTACACATATGCATGCTGGGCCGCATGCTATTCGATCTCACGGGAAGCCGGTCGAAACTACGGGGGAGCAGCGCAACTAGCAGGTGTACGAACGTACGTATGTCCCAATTATCTGCTCATCTTATTGTGCGTACCATTGCGGTGATTCTAGTACTACCTTCATTCTAAAATGTTTGACGCCGTTGACTTTTTTCAAAAATATTTGATCGTTCGTCTTATTTAAAAAATTTAAGTAATTGTTAATTTTTTTTCTATCATTTGATTTATTGTTAAATATACTTTTATGTATACATATAGTTTTACACATATCACAAAAGTTTTTGAATAAAACGAACAAACATGTTTAAAAAAGTCAACGATGTCAAACATTTAGGGAATGAGGAAATATTTACGGAGTAGGAGTACTATTTAGTGCCACGTACGCGTGCATGACGGGATGGACGGATCTATACGATGGATGCGTTGGTTGATTGCTAGTTGATTCAGTAGGAGACGGGGGCCGGAGCCGGAGATGAAGCTGGAGCTTGTTCGTGCTGCACGACTCGTG 1 0 5' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 5e-107 osa-MIR806h 5e-39 -60.3 ......(((((((((.((((((((((((.(((((((((((((.((..((.(((....((((((.(((((((((((.((((((((....(((((.........(((....))).....)))))...))))).(((((.((..........)).))))).....))).))))))))))).))))))))).)).)).))))))))))))).))))))))))))..))))))))).... (-60.3)