mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAAAGTCAACGATGTCAAA TGACGCCGTTGACTTTTTTCA ACTACCTTCATTCTAAAATGTTTGACGCCGTTGACTTTTTTCAAAAATATTTGATCGTTCGTCTTATTTAAAAAATTTAAGTAATTGTTAATTTTTTTTCTATCATTTGATTTATTGTTAAATATACTTTTATGTATACATATAGTTTTACACATATCACAAAAGTTTTTGAATAAAACGAACAAACATGTTTAAAAAAGTCAACGATGTCAAACATTTAGGGAATGAGGAAA TTTTTTTTTTTTTTTTGCTATAAGTAGTAGTAGTCTTTATTATATTATAGTTTACATTTACAAAGACATATTACACATATGCATGCTGGGCCGCATGCTATTCGATCTCACGGGAAGCCGGTCGAAACTACGGGGGAGCAGCGCAACTAGCAGGTGTACGAACGTACGTATGTCCCAATTATCTGCTCATCTTATTGTGCGTACCATTGCGGTGATTCTAGTACTACCTTCATTCTAAAATGTTTGACGCCGTTGACTTTTTTCAAAAATATTTGATCGTTCGTCTTATTTAAAAAATTTAAGTAATTGTTAATTTTTTTTCTATCATTTGATTTATTGTTAAATATACTTTTATGTATACATATAGTTTTACACATATCACAAAAGTTTTTGAATAAAACGAACAAACATGTTTAAAAAAGTCAACGATGTCAAACATTTAGGGAATGAGGAAATATTTACGGAGTAGGAGTACTATTTAGTGCCACGTACGCGTGCATGACGGGATGGACGGATCTATACGATGGATGCGTTGGTTGATTGCTAGTTGATTCAGTAGGAGACGGGGGCCGGAGCCGGAGATGAAGCTGGAGCTTGTTCGTGCTGCACGACTCGTG 1 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 8e-106 osa-MIR806h 5e-39 -60.3 .....(((((((((.((((((((((((.(((((((((((((.((..((.(((....((((((.(((((((((((.((((((((....(((((.........(((....))).....)))))...))))).(((((.((..........)).))))).....))).))))))))))).))))))))).)).)).))))))))))))).))))))))))))..)))))))))... (-60.3)