mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TATCACAGTCCTGCTTAGGTGACG TCATCCATGGATTGTGATTTT CGACCAGTTCGTCATCCATGGATTGTGATTTTCGGACTCCATGTTTCATTAAGTGAATATCACAGTCCTGCTTAGGTGACGAATTTCGTTG 1 5 3' arm Schistosoma_japonicum 19997615 100 sja-mir-2d 2e-45 -31.9 ((((.(((((((((((((.((((((((((.(((..(((..(((...)))..)))))).))))))))))))....)))))))))))..)))) (-31.90)