mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure AAAAAAGTCAACGGCGTCAAA TGACGCCGTTGACTTTTTTAA TGCTTCCTCGTACTCCCTCCATCCCTAAATATTTGACGCCGTTGACTTTTTTAAATATGTTTGAGCGTTCGTCTTGTTCAAAAACTTTTATGAAATGTGTAAAACTATATAGACATAAAAGTATAGTTAACAGTAAATCAAATGATAGGAAAAGAATTAATAATTACTTAAATTTTTTGAATAAAACAAACGGTCAAATTTTTTTAAAAAAAGTCAACGGCGTCAAACATTTTGGGATGGAGGGAGTATTAGATATG TGTATGTGTGTACGTACATCTATATATGTACTGTGATTTCTGTAAACGTGTGGCCATCGGATCGATGAATTCTACCGTGATGATAGAAACTGCTTCCTCGTACTCCCTCCATCCCTAAATATTTGACGCCGTTGACTTTTTTAAATATGTTTGAGCGTTCGTCTTGTTCAAAAACTTTTATGAAATGTGTAAAACTATATAGACATAAAAGTATAGTTAACAGTAAATCAAATGATAGGAAAAGAATTAATAATTACTTAAATTTTTTGAATAAAACAAACGGTCAAATTTTTTTAAAAAAAGTCAACGGCGTCAAACATTTTGGGATGGAGGGAGTATTAGATATGATGTTTCTCTAGTACAATACTAGAAAATCGGTGCGCCTTTGGCGCACAAACTAAAAAAATATCCCATGAATACTTGTACTTTTTCTAGGATATATAAATGTTGTATAGTTATTTAGAATTAGTTTGATTTCTTAGATATATATATGAGATGGAATAAGAATGAACCAAGCAAANAAAAAAAAA 0 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 9e-109 osa-MIR806h 2e-41 -92.8 ......((.((((((((((((((((.((((.(((((((((((((((((((((.((...((((((.((((.((.(((((((((((((((((((...((((((....))))))..))))))))).(((((........(((....)))........)))))..((((.....)))))))))))))).)).)))).))))))....)).))))))))))))))))))))).)))).)))))))))))))))).))..... (-92.8)