mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCAAAATCGTTGGCAATGGCT TTGGGGCCCACGTGGTGATC AGATGCAGACTACATGGTTGGGGCCCACGTGGTGATCGTAACAAATGCTTAAAGACCTTATGGTTCAAAATCGTTGGCAATGGCTCAGGTGCATC 6 1 3' arm Schistosoma_japonicum 19997615 100 sja-mir-3495 5e-49 -22.7 .((((((..((....(((((..(((.(((...(((((((((....(......)....)))))).)))....))).)))..))))).)).)))))) (-22.70)