mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure TCCCTGAGACTGATAATTGCT CAATTATTATTCTCAGGTGTA ATGAATAAAATCCCTGAGACTGATAATTGCTCTAGTTATTATATCATTAATGAGTTTACAATAAGGGCAATTATTATTCTCAGGTGTATCATTCATGA 3 0 5' arm Schistosoma_japonicum 19997615 100 sja-mir-125b 7e-39 -33.2 ((((((.(.(..(((((((.(((((((((((((.(((......(((....)))......))).))))))))))))).)))))))..).).)))))).. (-33.20)