mature_miRNA miRNA* pre-miRNA EST_contig mismatches bulges arm species source_database RFAM_best_hit RFAM_lowest_evalue miRBase_best_hit miRBase_lowest_evalue folding_energy secondary_structure ATGTGCTAAAAAGTTAACGGT CGTTTATTTTTCTAAATATGT AAATACTCCATCTATTTCTAAATATTCAATACCGTTTATTTTTCTAAATATGTTTGACCGTTCGTTTTATTTAAAAAAAATTAAGTAATTATTAATTCTTTTCCTATCATTTGATTCATCGTTAAATATACTAATAAATATACATATAGTTTTATATACTTCTTAAAAGTTTTTAAATAAGACGAACGGTTAAATATGTGCTAAAAAGTTAACGGTGTCAAATATTTAGAAACGGAGGGAGCGAG CTTACTATTACCTCTTTTTATATGATACTCCAATAATTGAGAAACACAAATTAAACAAGAGTAATAATCAATTTTTGGTTTAGAAAACAACTCATTATTCATGCTGATGATGATGTGTTGTTCATTTCTTTTTCATTCAAGGGGGGAAAAAAGAATCTTTCTCCTCGCCAAGAAAGAGAGATGTTGATGAACAATATTTATATCAGACCGATCCAGTGTGGATTTGGACATTCCTGCACTGTCGTCTATCGGTGTGGAATTGTCTATAAAATACTCCATCTATTTCTAAATATTCAATACCGTTTATTTTTCTAAATATGTTTGACCGTTCGTTTTATTTAAAAAAAATTAAGTAATTATTAATTCTTTTCCTATCATTTGATTCATCGTTAAATATACTAATAAATATACATATAGTTTTATATACTTCTTAAAAGTTTTTAAATAAGACGAACGGTTAAATATGTGCTAAAAAGTTAACGGTGTCAAATATTTAGAAACGGAGGGAGCGAGTACTAGCTAGTATTTGATTTAAGCAGAGTGGAAAAATACTATCTTGCATTATGAAATGTTTGACGTTTTGAACTAGCCAACGTCATTCACGAAGTCTGTAATTTGATGGGAATATTATAGTAGTATTGTGTACTACTTCCTCCCAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAAA 5 0 3' arm Oryza_sativa mirnest MIR806 6e-116 osa-MIR806h 3e-40 -67.2 .....((((.(((.((((((((((((..((((((((.((((((....((((((((((((((((((((((((((((((...(((((.((.(((((((.........(((....))).....)))).(((.((((.............))))..)))))).)))))))...))))))))))))))))))))))))))))))....)))))).))))))))..)))))))))))).))).)))).... (-67.2)